A 25 ans, en 1890, il entre dans une Société de Secours Mutuels. A ce moment, Edouard Duquenne, qui avait connu une enfance et une adolescence laborieuses et avait été le témoin des misères qu’entraînent la maladie, le décès prématuré, le chômage, prend conscience du rôle essentiel des Secours Mutuels. Dorénavant il n’aura de cesse de promouvoir ce mode de secours. En 1894, il fonde avec un petit nombre d’amis, qui deviendront ses collaborateurs, la Société de retraite des «Prévoyants de l’Industrie et du Commerce Roubaisiens».
Le 23 septembre 1896, il épouse à Roubaix, Clémence, Coralie Krabansky, sœur de l’artiste peintre roubaisien Gustave Krabansky, qui lui donnera huit enfants. Edouard Duquenne est à l’initiative de la création d’un grand nombre de Sociétés mutuelles à Roubaix : plus de soixante-cinq en 1913. Parmi celles-ci, on peut citer : La Mutualité Maternelle Roubaisienne, La Mutuelle Nadaud, La Société de Secours Mutuels Saint Joseph, La Société « L’Employé »…
Son action ne se limite pas à Roubaix, par plus de 600 conférences, de déplacements, de consultations, d’articles, il fait éclore de nombreuses Sociétés Mutuelles dans la région mais aussi dans la France entière et même à l’étranger. Son action le fait nommer à des postes importants de la Mutualité, il devient Président de l’Union Départementale des Sociétés de Secours Mutuels du Nord, vice-président de la Fédération Nationale de la Mutualité Française, membre du Conseil Supérieur de la Mutualité…
Son dévouement lui vaut aussi de se voir décerner un certain nombre de distinctions : en 1904, il reçoit la médaille d’Or de la Mutualité, en 1920, il est élevé au grade de chevalier puis en 1924, d’officier de la Légion d’honneur.
L’Union : La plus grande boulangerie de France
Sur le plan professionnel, tout en se dévouant pour les autres, son travail le hisse au rang d’industriel : il devient président-directeur de la coopérative « L’Union », la plus grande boulangerie de France dont il fait, au point de vue social, un établissement modèle. Il est également directeur propriétaire du journal « Nord Mutualiste ».
Edouard Duquenne décède le 23 septembre 1927 à son domicile, 478 rue de Lannoy à Roubaix, à l’âge de 62 ans. Ses funérailles ont lieu en l’église provisoire Saint Michel, avenue Linné, en présence d’une foule considérable.
Les coins du poêle sont tenus entre autres par MM. Duvivier, commissaire général de l’Union Départementale des Sociétés de Secours du Nord, Eugène Motte, ancien Député Maire de Roubaix, Joseph Wibaux, Président de la Mutualité Maternelle, Eugène Ernoult, Administrateur de l’Union… Dans l’assistance, on remarque MM. Gustave Dron, Sénateur Maire de Tourcoing, Georges Petit, Maire de Lambersart et Président de la Fédération Nationale de la Mutualité Française.
Dès le lendemain du décès d’Edouard Duquenne, le Journal de Roubaix, avec l’accord des instances de la Mutualité Française, lance une souscription pour l’érection d’un buste à sa mémoire. Cette souscription recueille en quelques jours plus de 16.000 francs. Ce buste, œuvre du sculpteur lillois Soubricas, est inauguré sur sa tombe au cimetière de Roubaix le 4 novembre 1928. Un second est érigé au square Pierre Catteau.